Bioinformasi dalam Dunia Perikanan (Budidaya Perikanan)

hmm,, apa kabar temen-temen??? kembali lagi bersama saya si kodok ijo (#ups). kali ini ada tugas nih dari dosen pengampu Mata Kuliah Teknologi Informasi mengenai posting hasil resume tentang bioinformasi dalam Dunia Perikanan.

judul yang diambil adalah :

                        KLONING cDNA HORMON PERTUMBUHAN IKAN GURAME

(Osphronemus gouramy)

Oleh ;

Estu Nugroho, Alimuddin, Anang Hari Kristanto, Odang (Arman)

Novi Megawati, dan Komar Sumanta Dinata

Hormon pertumbuhan ( growth hormone, GH) merupakan salah satu hormon yang disekresikan oleh somatotrof dari kelenjar pituari. GH memiliki peranan yang sangat penting dalam pengaturan pertumbuhan dan perkembangan dengan cara mendukung proses pembelahan, diferensisasi dan pembesaran ukuran sel. GH memiliki peranan penting yaitu sebagai sebuah agen pengatur pertumbuhan dan potensi. Dalam industri perikanan budidaya aplikasi membuat riset tentang GH banyak dilakukan terakhir ini. Saat ini pemberian GH pada ikan banyak dilakukan, karena pemberian GH pada ikan akan memberikan respon tersendiri terhadap masing-masing jenis ikan.

Sebagai ikan konsumsi komoditas air tawar yang memiliki nilai ekonomis tinggi, ikan gurame memiliki prospek pasar yang sangat cerah dalam perikanan budidaya. masalah utama dalam pembudidayaan ikan gurame yaitu pertumbuhan yang lambat dan kurang maksimal dibandingkan dengan ikan tawar lainnya yang terjadi dikarenakan langsung dari laju pertumbuhan somatik yang rendah. 

Melihat potensi yang besar sebagai ikan ekonomis tinggi, maka dalam jurnal ini penelitian yang dilakukan bertujuan untuk memperoleh sekuen DNA Komplemen (cDNA) hormon pertumbuhan sebagai langkah awal dalam rangka pengembangan teknologi rekayasa genetika ikan gurame dan untuk mengetahui pola distribusi dan ontogeni ekspresi gen GH ikan gurami.

metode yang digunakan dalam penelitian adalah:
1. Ekstraksi RNA total dari kelenjar Hipofisa
2. Sintesis cDNA
3. Amplifikasi PCR
4. Purifikasi Fragmen DNA dari gel
5. Ligasi Produk PCR dengan Vektor Kloning
6. Transformasi dan inkubasi bakteri
7. Seleksi koloni Bakteri putih dan pembuatan master plate
8. Isolasi plasmid
9. Sekuensing dan Analisis Sekuens

Berdasarkan hasil analisis BLAST, sekuens hasil cloning adalah sangan mirip dengan gen GH dari berbagai jenis ikan khususnya ikan kelompok anabantid. Dengn demikian diduga bahwa sekuens hasil kloning tersebut merupakan gen GH ikan gurame. analisis homologi asam amino residu antara gen GH gurame dengan gen GH dari beberapa kelompok ikan menunjukkan bahwa GH ikan sangat memiliki homologi tertinggi dengan GH ikan gurame. 

Setelah penginjeksian dilakukan menggunakan media tertentu, tahap selanjutnya dilakukan seleksi koloni bakteri putih dimana koloni tersebut diduga sebagai pembawa cDNA hormon pertumbuhan, kemudian dilakukan isolasi plasmid sebagai bahan sekuen untuk mengetahui susunan nukleotida cDNA GH ikan gurami. Sekuensing ini menggunakan analisis BLAST dari Bank data gen dunia yang merupakan salah satu fasilitas Bioinformasi berbasis teknologi. Hasil sekuensing menunjukan bahwa cDNA GH gurame mempunyai ukuran 843 bp yang menyandikan 204 asam amino tertentu, dapat diketahui pula bahwa hormon pertumbuhan ikan gurami memiliki sekuen nukleotida yang mirip dengan ikan lain seperti ikan sepat, ikan kerapu, ikan nila, ikan mujair, ikan salmon, dan ikan mas. Ternyata susunan nukleotida GH ikan sepatt memiliki kemiripan yang sangat erat dengan ikan gurame , hal ini juga menunjukan bahwa tingkat ekerabatan ikan sepat dan ikan gurame begitu erat.

jelas kan temen-temen???  kalau gag jelas download aja  disini ^o^

Demikian postingan kali ini. sampai bertemu lagi di postingan kodok yang baru nanti yaa temen-temen semua..

Thanks for your responding ^^